Fatih-moskeen ble bygd av Mehmet Erobreren etter erobringen av Istanbul. Han bygget moskeen på toppen av åsen over ruinene til Apostlenes Kirke, en gravplass for konstantinske og bysantinske keisere. Siden det var et så viktig sted og så imponerende, valgte han også å bli begravd her. Den originale moskeen var også en islamsk skole, et sted der folk kunne overnatte når de passerte gjennom byen og til og med et gammelt karavanserai. Dessverre ble den storslåtte moskeen som ble bygd av Mehmet ødelagt i et jordskjelv i 1766 og den som er der idag ble gjenoppbygd i 1767-71.